財政部南區國稅局表示，納稅義務人對於核定稅捐的處分不服，可依稅捐稽徵法第35條規定申請復查，依法有申請復查及續行提起訴願的權利，兩者的法定申請期間雖皆為30天，惟期間計算方式不同。該局說明，納稅義務人對於核定稅捐不服，向原處分稅捐稽徵機關申請復查之法定不變期間計算規定：
前開申請復查日期之認定，以「受理復查機關實際收文日期」為準，但採郵寄方式申請復查者，以「發寄局郵戳日期」為準。
納稅義務人對稅捐稽徵機關作成復查決定仍有不服，如要提起訴願者，其法定不變期間為「復查決定書到達之次日起」30天內，應向原處分稅捐稽徵機關或受理訴願機關（即財政部）提起訴願，惟應注意係以該等機關收受訴願書的日期為準，並無以交寄郵局之郵戳日期為準之規定，法定期間之計算應依訴願扣除在途期間辦法規定扣除在途期間。籲請納稅義務人務必留意訴願法定期間之計算。
該局舉例說明，甲公司設籍臺南市東區，於108年6月3日收到營利事業所得稅核定稅額繳款書，繳納期間為108年6月16日至同年月25日，甲公司不服，必須在108年6月25日的次日起30天內申請復查，也就是至遲應於108年7月25日將復查申請書遞送至該局臺南分局或交寄郵局。
經該局審理後作成復查決定書，連同繳款書於108年9月25日送達甲公司，如甲公司對該復查決定仍有不服，自行提起訴願，則必須在收到復查決定書的次日（即108年9月26日）起算30天，並扣除甲公司設籍臺南市至財政部的5天在途期間，至遲應於108年10月30日將訴願書送達該局或財政部。
該局特別提醒，基於「程序不合，實體不究」原則，納稅義務人對於稅捐稽徵機關核課稅捐之處分如有不服，請務必於法定救濟期間內提出申請，以免因逾期申請而影響行政救濟權利。
申請復查後經協談撤案免加徵滯納金
納稅人接獲國稅局寄發之核定稅額繳款書（即補稅單），如對核定稅捐之處分不服，應按稅捐稽徵法第35條規定，在繳款書送達後，於繳納期間屆滿翌日起算30日內申請復查，若復查期間經協談後撤回，仍應按補徵稅款加計利息，惟免予加徵滯納金。
國稅局在復查審理過程中，若與納稅人協談後取得共識，嗣由納稅人主動撤回復查，國稅局將另外發單補徵應繳之稅款，並依稅捐稽徵法第38條規定，自該項補繳稅款原應繳納期間屆滿之次日起，至填發補繳稅款繳納通知書之日止，按補繳稅額，依各年度1月1日郵政儲金1年期定期儲金固定利率，按日加計利息，一併徵收，免加徵滯納金。
營利事業同一所得年度不同課稅處分係獨立存在，若對處分不服，應分別申請復查
財政部北區國稅局表示，稅捐稽徵機關對於營利事業某一所得年度之所得稅申報案件，於稅捐核課期間內，可能因查核時點及查核項目不同，作成數個行政處分，而同一所得年度每次行政處分之補徵稅額，係減除上次核定數（或申報數），就差額部分補徵稅額，並非取代前次行政處分，因此，同一年度可能有1個以上的課稅處分存在。
該局強調，稅捐稽徵機關於核課期間內發現應徵稅捐之新事實或新課稅資料，所據以作成之課稅處分，為另一獨立課稅處分，並非變更或取代原課稅處分;納稅義務人若對個別課稅處分不服，應分別於法定救濟期間內提起行政救濟，以維護自身權益。
該局舉例說明，甲公司106年度營利事業所得稅結算申報案件，經國稅局查核並通知提示帳簿文據卻未提示，經依其自行申報營業收入按同業利潤標準淨利率核算營業淨利，核定全年所得額新臺幣（下同）24,180,795元及應補稅額2,898,972元，此為第1次核定稅捐處分。嗣後國稅局另案查得其有漏報銷貨收入情事，並據以重新核定全年所得額40,798,056元及再補徵稅額2,824,934元，此為第2次核定稅捐處分。甲公司就第1次核定稅捐處分提起行政訴訟，主張第2次核定處分已「變更」並「取代」第1次核定處分，則第1次核定處分已不存在，已無訴訟利益云云。
申經該局查核結果，第1次補稅處分係依甲公司自行申報營業收入核定所得額，第2次補稅處分係依查得甲公司漏報營業收入據以核定所得額，並減除第1次開徵之應納稅額後，核定補徵之稅額。同一所得年度不同之課稅處分，係稽徵機關依稅捐稽徵法第21條第2項規定，就另發現應徵之稅捐為補徵稅額之行政處分，均為獨立之課稅處分。同一所得年度每次行政處分之補徵稅額，均係減除前次核定數（或申報數），就差額部分補徵稅額，故無重複開徵之虞，亦非取代前次行政處分，本案經最高行政法院判決駁回確定。
