財政部臺北國稅局表示，嚴重特殊傳染性肺炎（一般簡稱COVID-19）在全球肆虐，疫情持續嚴峻，已將近7千萬人確診，百餘萬人病故，我國為有效防疫以維護人民健康，實施國人返國或持居留證入境臺灣者或與確診病例之接觸者皆須配合進行為期14天之居家檢疫或居家隔離。營利事業受雇員工如有接受防疫隔離情形，在此期間所給付之薪資，可自當年度營利事業所得額中減除該薪資金額之200%。
該局說明，依嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例第3條第3項前段規定，接受居家隔離、居家檢疫、集中隔離或集中檢疫者，於隔離、檢疫期間，其任職之事業單位應給予防疫隔離假。同條例第4條並規定，事業單位依前條例第3條第3項規定給付員工請防疫隔離假期間之薪資，得就該薪資金額之200%，自申報當年度所得稅之所得額中減除。
該局進一步指出，若營利事業給付受雇員工於防疫隔離期間之薪資，如已適用其他法律規定之租稅優惠（例如研究發展工作全職人員之薪資費用適用研究發展支出投資抵減優惠），或者當年度依所得稅法規定計算所得額已為負數者，依據嚴重特殊傳染性肺炎員工防疫隔離假薪資費用加倍減除辦法第4條第2、第3項規定，則當年度所得稅不得適用加倍減除該薪資支出。
該局呼籲營利事業如有給予受雇員工COVID-19防疫隔離假，該期間所給付之薪資，可自當年度營利事業所得額中減除該薪資金額之200%，並請注意不得適用之規定，以免申報錯誤遭調整補稅。
