財政部南區國稅局表示，公司或有限合夥組織的營利事業，會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期申報者，可將經稽徵機關核定前10年內各期虧損，自本年純益額中扣除後，再行計算應課稅的所得額。但虧損年度如有不計入所得額課稅之投資收益者，應先抵減虧損後以餘額計算。

該局說明，公司或有限合夥組織的營利事業在適用所得稅法第39條第1項但書規定，本期純益額扣除經稽徵機關核定前10年內各期虧損，應將各該期依同法第42條規定不計入所得額之投資收益，先行抵減各該期之核定虧損後，再以虧損之餘額，自本年度純益額中扣除。

該局舉例，甲公司108年度經國稅局核定虧損300萬元，因108年度有投資國內公司獲配不計入所得額課稅之投資收益100萬元，甲公司109年度全年所得額800萬元，於計算虧損扣除額時，應將投資收益100萬元自核定虧損300萬元中抵減後，申報108年度虧損扣除額為200萬元(即300萬元-100萬元)，扣除後109年度課稅所得額為600萬元(即800萬元-200萬元)。

南區國稅局提醒，營利事業適用盈虧互抵規定，申報扣除前10年核定之虧損時，除應注意符合所得稅法規定適用的要件外，更應注意將虧損年度不計入所得額之投資收益，先行抵減核定虧損後，再以虧損之餘額扣除純益額，才是正確申報方式，以免遭補稅並加計利息。