財政部臺北國稅局表示，營業人發生無進貨事實虛報進項稅額之違章情形，若僅補繳部分所漏稅款，無法依稅務違章案件裁罰金額或倍數參考表(以下簡稱裁罰倍數參考表)規定降低裁罰倍數。
該局指出，依裁罰倍數參考表規定，營業人無進貨事實虛報進項稅額，係按所漏稅額處2.5倍罰鍰，但於裁罰處分核定前或於復查決定前已補繳稅款者，裁罰倍數則分別降低為1.5倍及2倍。依財政部100年3月7日台財稅字第09900535810號令(以下簡稱財政部100年令)規定，裁罰倍數參考表所稱「已補繳稅款」，係指所漏稅款已「全部補繳完竣」。
該局舉例說明，甲公司107年6月至10月間無進貨事實，取具不實統一發票，作為進項憑證申報扣抵銷項稅額，經該局核定補徵營業稅額1,239,623元，並處2.5倍罰鍰3,099,057元。甲公司不服，申請復查，主張已於復查決定前補繳稅款1,000,000元，可依裁罰倍數參考表規定按繳納金額占全部繳納稅款相對金額比例降低裁罰倍數。惟依前揭財政部100年令規定，甲公司並未補繳全部所漏稅款，仍應按所漏稅額處2.5倍罰鍰。嗣經該局輔導，甲公司將賸餘239,623元稅款全部繳清，復查決定爰改按所漏稅額處2倍罰鍰為2,479,246元，追減罰鍰619,811元(3,099,057元-2,479,246元)。
該局呼籲營業人應依規定取具實際交易對象之統一發票，以免經稽徵機關查獲而遭補稅處罰。
