財政部臺北國稅局表示，房地合一課徵所得稅制度（以下簡稱房地合一新制）自105年1月1日起施行，營利事業如在108年間有交易屬105年1月1日以後取得的房地，其房屋及土地交易所得應適用房地合一新制，於辦理108年度所得稅結算申報時計入營利事業所得額課徵所得稅，不適用所得稅法第4條第1項第16款有關出售土地免納所得稅之規定。
該局進一步說明，營利事業交易適用房地合一新制的房地，應依所得稅法第24條之5規定計算房屋、土地交易所得額，減除依土地稅法規定計算之土地漲價總數額後之餘額，計入營利事業所得額課稅，餘額為負數者，以零計算；其交易所得額為負者，得自營利事業所得額中減除，但不得減除土地漲價總數額。另考量房屋、土地交易所得計算時已減除土地漲價總數額，所以已繳納之土地增值稅，不得再列為成本費用。
該局舉例，甲公司於105年10月2日買入房地，嗣於108年6月30日出售該房地(當日房地帳面價值970萬元)，相關費用20萬元（不含土地增值稅），土地漲價總數額50萬元，繳納土地增值稅10萬元，由於該房地係於105年1月1日以後取得，應適用房地合一新制規定，其應計入之營利事業所得額，依不同的出售房地總額，分別計算如下：
