凡是營利事業，不論是公營或民營，原則上都要依商業會計法規定來處理相關商業會計事務，而例外不需要依商業會計法規定的情況只有2種： 公營事業因兼具社會公益或政策任務，可優先適用其他相關法規規範，如會計法、預算法、審計法等，再適用商業會計法的規定。 小規模的合夥或獨資商業可以不適用商業會計法，而所謂小規模是指每個月營業額在20萬元以下的免用統一發票行號而言。所以，實務上已申請使用統一發票者，就不屬於小規模商業的範圍。
公司不論規模大小，適用的會計法令和會計原則的優先順序都一樣。舉例如下： 證券交易法（只有公開發行公司適用）。 公司法。 商業會計法。 證券發行人財務報告編製準則（只有公開發行公司適用）。 商業會計處理準則。 企業會計準則公報及其解釋，或金管會認可的國際會計準則及其解釋（兩個選一個）。 會計學理。 權威團體發布的會計文獻。
主管機關在中央是經濟部，在直轄市是直轄市政府，在縣(市)是縣(市)政府；每個主管機關權責劃分如下: 商業會計法令與政策的制（訂）定及宣導，為經濟部權責。 商業會計事務的管理，由每個受理登記機關管轄。 所以，在高雄市政府登記的商業，其商業會計事務的管理機關，就是高雄市政府。在台南市政府登記的公司，其商業會計事務的管理機關，就是台南市政府。
依經濟部於101年1月9日以經商字第10052403720號解釋，按商業會計處理準則第二條規定所稱之「一般公認會計原則」之範圍，係指「會計研究發展基金會財務會計準則委員會所公布之各號財務會計準則公報及其解釋」。惟商業亦得因其實際業務需要，選用經金融監督管理委員會（以下稱金管會）認可之「國際財務報導準則、國際會計準則、解釋及解釋公告」（以下簡稱IFRSs），並配合上市上櫃公司採用IFRSs之時程，自102年會計年度開始日起施行。 經濟部另於104年9月16日以經商字第10402425290號解釋，按商業會計處理準則第二條規定所稱之「一般公認會計原則」之範圍，係指「財團法人中華民國會計研究發展基金會所公開之各號企業會計準則公報及其解釋」。自中華民國105年1月1日適用。但得自願自104年會計年度開始日起適用。惟商業亦得因其實際業務需要，選用經金管會認可之IFRSs。 商業會計處理準則第二條：「商業會計事務之處理，應依商業會計法、商業會計處理準則及有關法令辦理；其未規定者，依照一般公認會計原則辦理。但商業自一百零七年會計年度開始日起，除對被投資公司具控制、重大影響或合資權益者，其長期股權投資應採權益法評價外，得自願比照金融監督管理委員會發布之證券發行人財務報告編製準則第三條、第九條至第十四條、第十六條、第十八條、第二十四條之一至第二十六條及第二十八條規定辦理，並從其規定編製財務報表，不受本準則相關規定之限制。」