商業應根據原始憑證，編製記帳憑證，根據記帳憑證，登入會計帳簿。商業交易的會計處理程序如下 ((商業會計法第十八條第一項))： 取得原始憑證：譬如進銷貨發票、各種收據、薪資表、加班費申請單、驗收入庫單、銀行匯款單等。 編製記帳憑證：依照原始憑證來編製現金收（支）傳票或轉帳傳票。 登入帳簿：把傳票的借貸項目、內容摘要和金額登記於各種帳簿，譬如現金帳、日記帳、總帳等。 另外， 整理結算和結算後結轉帳目等事項，可以不檢附原始憑證 ((商業會計法第十八條第一項但書))。 商業會計事務較簡單或是原始憑證已經符合記帳需要時，可以不另外製作記帳憑證，而直接用原始憑證，當作記帳憑證 ((商業會計法第十八條第二項))。
包括匯票、本票、支票、劃撥、電匯、轉帳或其他經主管機關核定的支付工具或方法 ((商業會計法第九條))。 一般習慣上最常用的是「票據」，票據是指發票人簽寫金額，在票據到期日時，無條件給受款人或執票人該金額的依據；票據基本上因付款人不同又可分為下列三種，皆為法令上規定的支付工具，但注意一定要載明受款人： 匯票：委託他人當付款人。 本票：由發票人當付款人。 支票：委託金融機構當付款人。 「劃撥」，是指郵政劃撥，付款證明就是劃撥單，其他經主管機關核定的支付工具或方法，也一定要載明受款人。 「電匯」，是指透過銀行以電報、電傳或銀行間金融電訊網路方式，指示代理行把款項支付給指定收款人的匯款方式。至於「內部轉帳」，則是指銀行內部轉帳方式支付（如：ATM轉帳收據）；但如果只是「活期存款的取款條」，就不是商業會計法第九條規定的支付工具。 其他支付方式，譬如用「信用狀」付款，亦屬商業會計法第九條所稱之支付工具。 注意，以上方式都要載明「受款人」。
商業會計事務處理，應該設置會計人員辦理。公司新成立時，如果資金有限、沒有預算可以聘請專任的會計人員的話，可以把公司的會計事務委託給會計師、記帳士或記帳及報稅代理業務人辦理。 所以您只要找一個可以信賴的會計師、記帳士或記帳及報稅代理業務人，雙方談好委託內容就可以交給他們代替公司處理會計事務，但是千萬不要忘記喔！提供合法正確的資料，仍然是公司應該負的責任，不能因此就隨便處理，否則，您仍會因為違反商業會計法的規定而受到處罰。
依經濟部於101年1月9日以經商字第10052403720號解釋，按商業會計處理準則第二條規定所稱之「一般公認會計原則」之範圍，係指「會計研究發展基金會財務會計準則委員會所公布之各號財務會計準則公報及其解釋」。惟商業亦得因其實際業務需要，選用經金融監督管理委員會（以下稱金管會）認可之「國際財務報導準則、國際會計準則、解釋及解釋公告」（以下簡稱IFRSs），並配合上市上櫃公司採用IFRSs之時程，自102年會計年度開始日起施行。 經濟部另於104年9月16日以經商字第10402425290號解釋，按商業會計處理準則第二條規定所稱之「一般公認會計原則」之範圍，係指「財團法人中華民國會計研究發展基金會所公開之各號企業會計準則公報及其解釋」。自中華民國105年1月1日適用。但得自願自104年會計年度開始日起適用。惟商業亦得因其實際業務需要，選用經金管會認可之IFRSs。 商業會計處理準則第二條：「商業會計事務之處理，應依商業會計法、商業會計處理準則及有關法令辦理；其未規定者，依照一般公認會計原則辦理。但商業自一百零七年會計年度開始日起，除對被投資公司具控制、重大影響或合資權益者，其長期股權投資應採權益法評價外，得自願比照金融監督管理委員會發布之證券發行人財務報告編製準則第三條、第九條至第十四條、第十六條、第十八條、第二十四條之一至第二十六條及第二十八條規定辦理，並從其規定編製財務報表，不受本準則相關規定之限制。」
這次修正的商業會計法規，從民國105年1月1日開始適用。但是還要注意有提前適用的規定，就是商業還可以自願從103年會計年度開始日，就提前適用整套修正後的商業會計法規。