主管機關在中央是經濟部，在直轄市是直轄市政府，在縣(市)是縣(市)政府；每個主管機關權責劃分如下:

  1. 商業會計法令與政策的制（訂）定及宣導，為經濟部權責。
  2. 商業會計事務的管理，由每個受理登記機關管轄。

所以，在高雄市政府登記的商業，其商業會計事務的管理機關，就是高雄市政府。在台南市政府登記的公司，其商業會計事務的管理機關，就是台南市政府。