獨資合夥資本主自其獨資或合夥經營事業所得之盈餘，係屬所得稅法第14條第1項第1類規定之營利所得，應併入獨資合夥資本主綜合所得總額申報綜合所得稅。
獨資合夥經營的營利事業，可分為每3個月經稽徵機關查定課徵營業稅的小規模營利事業（免辦理營利事業所得稅結算申報），及應辦理營利事業所得稅結算申報之營利事業，獨資合夥資本主營利所得之計算及申報說明如右：
舉例說明，甲君及乙君分別為獨資商號資本主，108年5月間均以臨櫃方式查詢其107年度所得及扣除額等資料，透過網際網路辦理107年度綜合所得稅結算申報。
- 甲君之獨資商號為小規模營利事業，其營利事業所得額係由稽徵機關核定，甲君查調之所得已包含取自其經營獨資商號之營利所得，甲君自得據以辦理綜合所得稅結算申報。
- 惟乙君之獨資商號並非小規模營利事業，其營利所得即不在稽徵機關依規定應提供查詢之所得資料範圍內，乙君自行依該獨資商號107年度營利事業所得稅結算申報書之損益及稅額計算表列報之課稅所得額，增列經營獨資商號之營利所得，完成107年度綜合所得稅結算申報程序。
107年獨資合夥組織所得稅申報繳稅方式改變了
獨資合夥企業的獨資資本主或合夥組織合夥人要注意了，自辦理107年度營利事業所得稅結算申報起，無須計算及繳納其應納之結算稅額；其營利事業所得額，列為獨資資本主或合夥人個人綜合所得稅的營利所得，課徵綜合所得稅。
如屬小規模營利事業者，無須辦理結（決）、清算申報，由稽徵機關核定其營利事業所得額，直接歸併獨資資本主或合夥組織合夥人之營利所得，依所得稅法規定課徵綜合所得稅。
107年2月7日公布修正「所得稅法」部分條文亦即所得稅制優化方案，屬於「簡化獨資合夥組織營利所得申報方式」部分條文，規範自107年度起，獨資、合夥事業無須計算繳納營所稅，以簡化稅政並減輕其營所稅稅負，惟仍應辦理申報並核實計算營利事業所得額，以併計出資人綜合所得稅核課，謹臚列修正前後報繳稅方式對照如下：
修正前後報繳稅方式對照表
| 所得年度 | 107年度以後 | 104至106年度 |
|---|---|---|
| 結算申報 | 應辦理申報（小規模營利事業免辦） | 應辦理申報（小規模營利事業免辦） |
| 應繳納之稅額 | 無須計算 | 應計算 |
| 營所稅稅額 | 免繳納 | 應自繳稅額＝（應納稅額×1/2－尚未抵繳之扣繳稅額） |
| 綜合所得稅 （營利所得） |
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| 暫繳申報 | 無須辦理 | 無須辦理 |
| 滯、怠報之處分 |
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| 短、漏報之處罰 | 短、漏之課稅所得額，依當年度適用之營利事業所得稅稅率計算之金額，按規定倍數處罰 | 短、漏之課稅所得額，按所漏稅額之半數，依規定倍數處罰 |
獨資、合夥組織營利事業取得之扣繳稅額可減除
以往營利事業所取得當期各類所得之扣繳稅額，需於營利事業階段辦理退稅，然自107年度起，為簡化獨資、合夥組織營利事業之徵納稅務作業，獨資、合夥組織於營利事業階段所取得之各類所得扣繳稅額，由獨資資本主或合夥組織合夥人按出資比例或合夥契約約定盈餘分配比例計算，於辦理同年度綜合所得稅結算申報時，自獨資資本主或合夥組織合夥人之綜合所得稅應納稅額中減除。
舉例說明：合夥組織甲企業社有A、B二位合夥人，盈餘分配比例為60%及40%，107年度甲企業社營利事業所得150萬元，並且同一年度取得銀行給付利息收入扣繳稅額800元。
107年度綜合所得稅結算申報時，合夥人A、B分別依盈餘分配比例計算申報營利所得A君90萬元、B君60萬元，可減除之扣繳稅額A君480元、B君320元（計算如附表）。
資本主或合夥人計算營利所得時，得減除已繳納之各稅罰鍰
獨資資本主或合夥事業合夥人申報綜合所得稅，應將所經營的獨資或合夥組織營利事業當年度之營利事業所得額列報為資本主或合夥人的營利所得，獨資、合夥營利事業當年度因違反各種稅法所處之罰鍰，如果已繳納並取得正式收據者，可以自稽徵機關核定的營利事業所得額中減除。
獨資資本主或合夥事業合夥人如有已繳納各稅罰鍰情事者，可檢附繳納收據向稽徵機關申請更正，以保障自身權益。
舉例說明，A君獨資經營甲商號，甲商號107年經核定全年所得額為120萬元，但因甲商號107年度發生營業稅違章，經國稅局裁處罰鍰20萬元，甲商號不服申請復查，經復查決定維持原處分，甲商號未再提起訴願，並且繳清罰鍰。
因此，A君可檢附所繳納的罰鍰繳款書收據，向國稅局申請更正107年度綜合所得稅取自甲商號的營利所得為100萬元（120萬元–20萬元）。
