財政部臺北國稅局表示，為鼓勵機關(構)、事業單位、學校、法人、團體(統稱雇主)積極參與防疫，嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例(下稱紓困特別條例)第4條規定，雇主給付員工防疫隔離假、防疫照顧假或疫苗接種假期間之薪資，得以給付薪資金額減除政府補助款後金額之200%(下稱薪資加倍減除)自當年度所得稅申報之所得額中減除；但已適用其他法律規定之租稅優惠者，不適用之。
該局說明，雇主得適用薪資加倍減除之範圍，包含依紓困特別條例第3條第3項規定，給付員工因集中(居家)檢疫或隔離，或為照顧生活不能自理之受隔離或檢疫家屬而請「防疫隔離假」期間之薪資;或雇主給付員工依中央流行疫情指揮中心(下稱指揮中心)指揮官所為應變處置指示而得請「防疫照顧假」或「疫苗接種假」期間之薪資。前述所稱「防疫照顧假」，係指員工於家屬因疫情停課、托嬰中心、居家托育服務及早期療育機構停止收托、社區式長照機構及身心障礙者日間照顧暫停服務、庇護性就業之身心障礙者因疫情影響致無法工作等期間，有親自照顧需求而得申請之假別；至「疫苗接種假」，係指自110年5月5日起，員工為接種疫苗或為避免接種發生不良反應，自接種之日起至接種次日24時止而得申請之假別。
該局指出，依紓困特別條例第4條授權訂定之「嚴重特殊傳染性肺炎員工防疫隔離假薪資費用加倍減除辦法」規定，雇主適用上開假別給付之薪資加倍減除優惠時，應特別注意須先扣除政府補助款，並以申報減除當年度依所得稅法第14條第1項第2類、第10類或第24條規定計算之所得額至零為限。茲舉例說明，甲君係A公司所聘僱之月制型勞工，月薪總額為60,000元、換算1日薪資為2,000元(60,000元/30天)，甲君於110年6月1日至110年6月14日經衛生主管機關認定應接受居家隔離，其隔離期間遇例假日及休假日（6/5～6/6、6/12～6/14）共5日，甲君請防疫隔離假之日數為9日，A公司得依實際負擔之薪資計算適用薪資加倍減除之金額如下表：
該局提醒，營利事業應於辦理110年度營利事業所得稅結算申報時，依規定格式填報申報書及租稅減免附冊，並檢附員工請假證明、各級衛生主管機關開立之受隔離檢疫證明、符合防疫照顧假及疫苗接種假證明、薪資金額證明及薪資計算明細表等文件送所轄國稅局。另為便利民眾瞭解財政部因應疫情之相關稅務規定及申請流程，財政部網站已建置「嚴重特殊傳染性肺炎專區」(https://www.mof.gov.tw/covid19)提供即時資訊，請多加利用。
