會計基礎是指會計人員決定把交易事項記入帳簿時，選擇的基本原則。一般又分為兩種方法1：
- 權責發生制：係指收益於確定應收時，費用於確定應付時，即行入帳。決算時收益及費用，並按其應歸屬年度作調整分錄。
- 現金收付制：係指收益於收入現金時，或費用於付出現金時，始行入帳。
會計基礎應該採用「權責發生制」，但如果平時用現金收付制的，在決算時，也要按照權責發生制來調整2。
由上可知，商業會計法中所說的商業，依法都要以「權責發生制」作為會計基礎，就算平時採現金收付制，在決算時，仍然要依權責發生制作調整，沒有例外。
至於公司發放的年終獎金，因為是酬勞員工過去一年的工作付出，屬於已經發生的事項，決算時雖然還沒有支付，但是依照權責發生制的規定，應該要在決算日，以「應付費用」項目估計記入帳簿，才不會使當年度損益高估而產生錯誤。
員工個人雖然在收到現金的次年度才申報所得稅，是因為綜合所得稅是採收付實現制（現金收付制），所以企業不可混淆。